No começo do livro, Percy vai à uma aula de orientação na sua nova escola, Goode. Lá, ele encontra Rachel Elizabeth Dare, uma mortal que salvara sua vida, e ele é atacado por líderes de torcida demoníacas. Percy foge da escola e encontra Annabeth. Juntos, eles retornam para o Acampamento Meio-Sangue. Percy percebe que o Acampamento está estranho e Annabeth conta a ele sobre "O Labirinto", parte do palácio do Rei Minos em Creta que, de acordo com a Mitologia Grega, foi projetado por Dédalo. Segundo ela, Luke estava planejando usar o Labirinto para invadir o Acampamento, liderando seu exército direto para o coração da resistência dos Meio-Sangue. Ela também diz que Clarisse já havia feito investigações no subterrâneo. Enquanto isso, Percy conhece o novo instrutor de esgrima, que possui um cão infernal gigante de estimação. Durante um jogo projetado pelo instrutor, Annabeth e Percy acabam achando a entrada para o Labirinto. Então, Quíron convoca uma missão para tentar encontrar Dédalo antes de Luke, pois o inventor era o único que possuía o fio de Ariadne, o objeto capaz de tornar a navegação possível no Labirinto. Então, Annabeth, Percy, Grover e Tyson partem pelo Labirinto à procura do Laboratório de Dédalo. Porém, eles se deparam com muitos obstáculos, como um esfinge e Kampê, salvam Briareu (o de Cem Mãos), e não conseguem encontrar uma maneira de entender e andar pelo Labirinto sem se perderem. Todavia, quando eles são encurralados por Jano, o deus da dúvida, Hera surge e diz à Annabeth que Percy sabia como achar o caminho, apesar de não perceber. A deusa também aconselha-os a visitar Hefesto, que poderia ajudá-los. Depois disso, eles encontram Nico di Angelo em um rancho, e Percy ajuda o garoto a convocar Bianca. O empregado do rancho agradece à Percy por tê-lo libertado de seu chefe e dá à eles uma aranha de metal que os leva à Hefesto. Percy, Annabeth, Tyson e Grover encontram o Deus dos Metais, que diz que só contará a eles sobre Dédalo em troca de um favor: eles teriam que investigar e descobrir quem estava usando suas forjas escondido. Porém, quando eles chegam ao vulcão, que é o lugar das forjas, Grover descobre um túnel que ele acha que levará até Pan. O sátiro e Tyson então, seguem por esse túnel e Percy e Annabeth continuam até as forjas, onde eles descobrem que telequines estavam forjando uma nova arma para Cronos. Percy diz à Annabeth para ela ir avisar Hefesto enquanto ele distraía os telequines. Eles se beijam antes de Annabeth partir. Percy, sem querer, explode o vulcão. Quando ele acorda, está na ilha de Calypso. Ele passa um tempo com a garota na ilha, até que Hefesto vem visitá-lo e diz que ele precisa escolher entre ficar na ilha para sempre e voltar para seus amigos. O deus também dá uma dica de como navegar no Labirinto. Depois que Hefesto vai embora, Calypso confessa à Percy que está apaixonada por ele, mas ele diz que precisa voltar. Ela dá a ele uma flor, o enlace lunar, e ele parte. Quando Percy retorna ao Acampamento, ele percebe que todos achavam que estava morto. Não havia notícias de Grover e Tyson,o professor de esgrima estava desaparecido e ele e Annabeth resolvem continuar a missão sozinhos. Então ele pede ajuda à sua amiga mortal, Rachel. Ele havia percebido que ela podia ver através da Névoa, por isso conseguiria ver também o caminho no Labirinto. Com ajuda dela, Percy e Annabeth encontram o laboratório de Dédalo, e descobrem que o famoso arquiteto é seu o instrutor desaparecido do Acampamento. Dédalo confessa que já havia dado o fio de Ariadne à Luke. Então, Percy, Annabeth, Rachel e Nico (eles haviam reencontrado o garoto) fogem do laboratório com as asas de Dédalo. Mas eles voltam ao Labirinto logo depois, aonde encontram uma passagem para o reino dos Titãs. Percy vê Cronos renascer dentro do corpo de Luke, Rachel se revela acertando o olho do poderoso titã com uma escova de plástico azul e Nico salva a todos. Eles fogem novamente e reencontram Grover e Tyson. Juntos, eles acham o Deus Pan, que morre em seguida, deixando-os uma mensagem. Eles retornam ao Acampamento Meio-Sangue, deixando Rachel para trás. Luke usa o fio de Ariadne para liderar um ataque ao acampamento. Grover vem ao salvamento e provoca um pânico para afastar o inimigo. Depois da batalha, Dédalo sacrifica-se para fechar o Labirinto, que é ligado à sua vida. Antes de morrer, porém, ele presenteia Annabeth com um laptop contendo alguns de seus projetos. O livro termina no dia do aniversário de Percy. O namorado da mãe dele, sr. Blofis, Tyson e mãe dele estavam lá, e Poseidon também faz uma visita à ele, lhe dando um dólar de areia de presente. Percy planta o enlace lunar, presente de Calypso, na sua janela e recebe a visita de Nico, que diz que sabe como Percy pode derrotar Cronos.
